SNP检测(KASP分型)

便宜而准确的基因SNP分型方法一直是研究者不断追求的技术。KASP检测法,可以用2个荧光探针、2个通用猝灭探针,再加多个位点特异探针来检则多个SNP位点,大幅降低了SNP的检测成本,提高了检测通量。


KASP技术的优点

只要合成两个通用荧光探针,两个通用淬灭探针,再加合成多个针对具体位点的SNP PCR引物,就可以测许多位点。

因为荧光探针、和淬灭探针都很贵,KASP方法相比于Taqman方法,可以通过通用荧光探针来代替针对位点的荧光探针,大大节约成本。


原理说明

第1步:

设计2个SNP PCR引物,各对应于一个SNP的等位基因

设计荧光探针:F探针与Allele 1标签序列一致;H探针与Allele 2标签序列一致;F探针的5‘端有一个FAM荧光基团;H探针的5’端有一个HEX荧光基团;相应于F探针和H探针,各设计一个3'端带淬灭基团的淬灭探针

KASP 01.png

KASP 02.png


第2步:

第1轮PCR,模板会与可互补的(3'末端能配对的)PCR引物进行退火,并发生扩增。

这步完成SNP识别

KASP 03.png

第3步:

第2轮PCR扩增,扩增出带有标签序列的PCR产物

这步完成把通用标签序列引入与SNP对应的PCR产物

KASP 04.png


第4步:

经过几轮的PCR扩增,一方面淬灭探针被切碎,另一方面荧光探针更多地退火到新合成的、没有淬灭基团的互补链上,发出荧光

通过检测荧光,检出SNP位点上是哪个碱基

KASP 05.png

第5步:

通过自动化数据分析,得出SNP的分型结果


KASP 06.png



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